WATERS液相色譜儀由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱(固定相)內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數。
在兩相中做相對運動時，經過反復多次的吸附-解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來。
WATERS液相色譜儀因其分析速度快、分離效率高、檢測靈敏度高、檢測自動化、適用范圍廣、組分易回收、樣品處理較簡單，在分析儀器領域還是有不錯的前景。
由于WATERS液相色譜儀系統常用的流動相多是易燃、易爆的有毒化學溶劑，因此WATERS液相色譜儀所處的環境必須是通風的并且WATERS液相色譜儀所在房內無任何能引發火災的火花產生源（如明火、吸煙或其它可產生火花、明火的設備），否則容易引起中毒或火災等安全事故。
由于WATERS液相色譜儀是配合液相柱使用，形成高壓流體輸送WATERS液相色譜儀系統，溶劑的壓縮性與泵頭壓力易受到外界溫度的影響，為確保流量度的高可靠性，請安裝空調予以恒溫。由于WATERS液相色譜儀溶劑的危險性，房內應配置消防設備以及處理溶劑所能引發對人體傷害時的應急措施（自來水、清潔液、急救等）。
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